Im Personenregister besteht ein Eintrag neben dem Namen und ggf. Beinamen aus den Lebensdaten, einem Kurzbiogramm, ggf. spezifischen Unterlemmata, z. B. „Berichterstatter“ (Belegstellen zu Brief oder Tagebucheintrag) und einer Werkliste, die gegliedert ist in „Werke“, „Rezensionen“ und „Manuskripte“. Die Werke werden im Falle gedruckter Werke (Monographien und Zeitschriftenbeiträge) nur mit Kurztitel angegeben; in runden Klammern findet sich eine Sigle, die in der Regel aus dem Nachnamen des Autors/ der Autoren und dem Erscheinungsjahr/ den Erscheinungsjahren besteht und auf die Position verweist, an welcher im Werkverzeichnis die vollständigen bibliographischen Angaben zu finden sind. Sofern es sich um Manuskripte handelt, werden die Angaben vollständig im Personenregister ausgegeben; im Werkverzeichnis findet sich kein Nachweis. Bis auf wenige Ausnahmen handelt es sich bei dieser Textsorte um in der LA gedruckte Quellen. Kursiv gesetzte Vornamen markieren den Rufnamen, der oftmals auch Teil des Autornamens ist (vgl. die Beispiele Wilhelm und Alexander von Humboldt).
Die Einträge der Naturalienregister geben neben dem Namen der Naturalie und ggf. Schreib- und Namensvarianten im Lemma zumeist eine Kurzerläuterung der Sache, einen Verweis auf andere, sachlich zugehörige Lemmata, eingeleitet mit „Siehe auch“, sowie eine kursiv gesetzte Angabe zur Quelle, welche die Grundlage für Kurzerläuterung und Verweis darstellt. Sofern Kurzerläuterung und sachlich zugehöriges Lemma identisch sind, findet sich lediglich der Verweis auf letzteres. In der ersten Abteilung wurden die Belegstellen für einzelne Naturalien konsequent Zeile für Zeile erfasst, was mitunter zu langen Ketten von Zeilenziffern im Register führt. Deswegen wurde für die Erfassung der zweiten Abteilung entschieden, mehrere Belegstellen auf derselben Seite eher zusammenzufassen, d. h. es werden nur die Zeilen des ersten und letzten Belegs einer Seite angeführt.
Das Werkverzeichnis enthält nur die bibliographischen Angaben, nicht die Belegstellen; diese sind im Personenregister angeführt. Sofern ein Werk in Goethes Bibliothek vorhanden ist, wird dem Werkeintrag in Klammern die Nummer aus dem von Ruppert angefertigten Katalog nachgestellt (z. B. Ruppert 5305). Sofern ein Werk nachweislich von Goethe aus der Herzoglichen Bibliothek in Weimar entliehen wurde, wird dem Werkeintrag in Klammern die Nummer aus dem von Keudell angefertigten Katalog nachgestellt (z. B. Keudell 5305).
Sind von einem Werk mehrere Auflagen überliefert und lässt sich aus der Quelle nicht ermitteln, auf welche Bezug genommen ist, dann wird die Belegstelle entweder der von Goethe nachweislich genutzten Auflage (Ruppert, Keudell etc.) oder der Erstauflage zugewiesen. Bezieht Goethe sich nachweislich auf verschiedene Auflagen eines Werkes, so wurden für diese separate Registereinträge angelegt und die Belegstellen entsprechend zugewiesen. Da in der Regel in solchen Fällen Belegstellen existieren, die nicht einer bestimmten Auflage, sondern nur dem Werk allgemein zugeordnet werden können, wurde für dieses ein Gesamteintrag angelegt (Eintrag ohne Spezifizierung der Ausgabe, z. B. Metamorphose der Pflanzen, Newtons Optik, Erxleben/Lichtenberg, Jungius: Geometria empirica etc.). Ähnlich wurde mit Werken aus der Antike verfahren: Diese erscheinen lediglich unter ihrem vereinheitlichten Titel, wenn in den Quellen keine spezifische Ausgabe angegeben wurde.
Im Verzeichnis von Goethes Werken sind Texte, die in der LA ediert sind, nicht zusätzlich mit dem in der Quelle meist genannten Erstdruck verzeichnet, da dies zu einer Vielzahl an Doppeleinträgen geführt hätte (Beispiele: LA II 10B, 147, Z. 32–34; siehe auch schon für LA I 10, 389, Z. 32–37). Jene Goethe-Texte, deren einzige Belegstelle diejenige des Druckorts in der LA ist (edierter Text), werden im Registerband nicht mehr aufgeführt, da sich diese Angaben bereits im Verzeichnisband (LA III 1) befinden.
Die Materialien sind in der Regel Vorstufen zu den Schriften Goethes. Sofern die Erläuterung einen klaren Zusammenhang mit einem oder mehreren Werken Goethes angibt („Vorarbeit zu ...“, „Notiz zu ...“, etc.), wurde die jeweilige Materialie mit diesem Werkeintrag verknüpft. Dies gilt auch dann, wenn es sich um Zuarbeiten anderer, um Exzerpte aus dem Werk eines anderen Autors oder um die Abschrift eines Zeitungsartikels handelt.
Eine besondere Herausforderung stellte der Umstand dar, dass in den ersten drei Bänden der ersten Abteilung jene Materialien und Zeugnisse, die später in der zweiten Abteilung abgedruckt wurden, in den (chronologischen) Verlauf der Textproduktion aufgenommen waren. Damit alle Texte der ersten Abteilung auch als Texte in der Datenbank erfasst sind, wurden hier Materialien – z. B. als Werke ins Goethe-Verzeichnis – aufgenommen, die dann nicht aufgenommen worden wären, wenn sie Teil der zweiten Abteilung gewesen wären (Beispiel: LA I 3, 504: „Nr. 39. / Zu den Pflanzenfarben“).
